Il primo atto formale relativo all’istituzione di un presidio sanitario risale al 10 ottobre 1893, data in cui Papa Leone XIII approvò il Regolamento del Servizio di Assistenza Sanitaria e di Igiene dei Sacri Palazzi Apostolici. Successivamente, con ordinanza del Governatore dello Stato del 28 settembre 1929, la giurisdizione in materia viene trasferita dal Prefetto dei Sacri Palazzi Apostolici allo stesso Governatore dello Stato. Nel contempo, altro atto importante fu l’istituzione di una Guardia Medica Permanente con ambulatorio medico-chirurgico annesso alla Farmacia Vaticana.

Due date furono importanti nella definizione moderna dell’attuale struttura: - il 1943, durante il pontificato di Papa Pio XII, i Servizi Sanitari acquisirono un'autonomia amministrativa nell'ambito del Governatorato; - il 1969, momento in cui, con Decreto, venne formalmente costituita la Direzione dei Servizi Sanitari. Infine, in tempi più recenti la Legge sul Governo dello Stato della Città del Vaticano del 16 luglio 2002 ne ha definito e articolato le finalità e le competenze territoriali.

L’11 febbraio 2022 con Decreto del Presidente della Pontificia Commissione per lo Stato della Città del Vaticano, viene promulgato (ad experimentum) il nuovo Regolamento della Direzione Sanità e Igiene dello Stato della Città del Vaticano, che è entrato in vigore il 1° marzo 2022.